应用微波对中药进行灭菌的效果好坏主要取决以下几个因素。①物料的含水量越高，吸收微波能就越好，灭菌效果也越好。如水丸和新鲜药材饮片的灭菌干燥效果一般优于水蜜丸和药粉，同一种物料的含水量与灭菌效果基本呈正比。有时为了取得较好的效果，需向物料中添加适量的水分。②物料的类型不同则微波灭菌效果也不同。一般认为蜜丸灭菌率高于水丸，含蜜量大的制剂灭菌率优于含蜜量小者。原因可能在于蜜吸收微波能多于水，带式干燥设备，因此在加热功率和时间相同的前提下，密丸比水丸吸热多、升温快、灭菌率高。但由于水丸含水量高于蜜丸，而要求的成品含水率低于蜜丸，因此水丸所需的干燥时间长，当达到干燥要求时，则水丸灭菌率高于蜜丸。③药物灭菌效果与微波输出功率和照射时间呈正比。应根据药物剂型、含水量、组成成分等，选择适宜的微波功率和照射时间。
微波真空干燥的特点：
1、节能高效： 常规的真空干燥设备，由于在真空场合下，菌类干燥设备，热量通过对流传递十分困难，只能传导进行，加热速度慢，干燥周期长，能耗大。微波真空干燥设备采用的是辐射传能，是介质整体加热，无需其它传热媒介，避免了上述缺点，所以速度快，干燥设备，效率高，干燥周期大大缩短，能耗降低。与常规干燥技术相比可提高工效四倍以上。
2、加热均匀： 由于微波加热是物料里外同时加热，物料的里外温差小，不会产生常规加热中出现的里外加热不一致的状况，而使干燥质量大大提高。
3、易于控制：由于微波功率可快速调整及无惯性的特点，易于及时控制，便于工艺参数的调整和确定。
微波干燥灭菌技术的特点长期以来，我国中药产业中的干燥灭菌工艺始终停留在较落后的方式上，微粉干燥设备，蒸汽加热和烘箱干燥仍然作为主要手段，其弊端在于：①消耗能量大，利用率仅为30%左右，大大增加了生产成本；②由于消毒灭菌采用高温（110℃）处理，使得某些药品如口服液中的有效成分或营养成分遭到严重破坏，无法得到应有的疗效，且口感变差；③生产环境恶劣，工人劳动强度大，生产周期长等。
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