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聚乙二醇除了可以用来修饰蛋白质，载体等大分子物质外，很多有机小分子药物也逐渐采用PEG修饰技术，并取得了一定的进展。利用聚乙二醇对一些小分子药物进行修饰，他们采用二氯亚砜为偶联剂，小分子药物氯甲酰化后将其以可降解的酯键键合到聚乙二醇上。结果表明，此法使得目标修饰物的收率得到提高，而且PEG修饰过的烟酸，沙特聚乙二醇，其水溶性也得到了提高。
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聚乙二醇消除或降低蛋白质等高分子的抗原性效果明显。聚乙二醇PEG为一种亲水不带电荷的线性大分子当它与蛋白质的非必需基团共价结合时，可作为一种屏障挡住蛋白质分子表面的抗原决定簇，避免抗体的产生或者阻止抗原与抗体的结合而抑制免疫反应的发生。
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将 PEG 用于蛋白质修饰， 降低免疫原性和抗原性； 另外还可以减弱蛋白酶的水解作用， 增加蛋白分子的可溶性等。 PEG 修饰蛋白质主要是先在单甲氧基聚乙二醇 (InPEG) 的末端引入羧基、 氨基或其他活性基团， 再利用固相或液相法将其偶联到肽序列中去，代理沙特聚乙二醇， 实现对多肽的 N 端、 C 端及某些氨基酸侧链的 PEG 化修饰， 从而改变蛋白质的性质。 由于 PEG 良好的生物相容性、反应简单、价格低廉等优点，受到较多的重视。 PEG 对组织具有脱水和固定作用已经得到了证实。也有研究报道将PEG 用于动、植物标本的制作和保存，并也称其为塑化标本。
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